総合歯科医学研究所
機能系中央実験室
生化学・分子生物学的研究の中心的ラボ。
遺伝子実験室
インサイチューハイブリダイゼーションなど遺伝子発現の局在を観察する。
組織化学室
レーザーマイクロダイゼクション（PALM, Microlaser Technologies）をはじめ、組織化学関連機器を備えている。
形態系中央実験室
形態学的研究の基本作業を行うラボ。
電顕資料作成室
ウルトラミクロトーム（奥左：ULTRACUT UCT, 奥右：ULTRACUT U, LEICA）をはじめ、電顕試料作成の備品を設置してある。
凍結実験室
急速凍結のための各種研究設備が設置されており、大型滑走式凍結ミクロトーム（CM3500, LEICA）、高圧急速凍結装置（EMPACT, LEICA）、凍結超薄切片作成ミクロトーム（EMFCS, LEICA）などが含まれる。
大型滑走式凍結ミクロトーム（CM3500, LEICA）
凍結したネズミ一匹位の大きな骨などを 2-3μm で薄切できる。
硬組織実験室
硬組織（歯や骨）を脱灰しないままで、研磨したり薄切する機器を設置したラボ。
顕微鏡撮影室 Universal Microscope Axioplan2
万能顕微鏡、共焦点レーザー顕微鏡をはじめ、各種顕微鏡撮影装置が設置されている。
顕微鏡撮影室
共焦点レーザースキャン顕微鏡（LSM-510, Carl Zeiss）形態系・機能系ともに高頻度に使用されている高性能レーザー顕微鏡。
画像解析室
マイクロ CT（ScanXmate-A080, コムスキャン テクノ㈱）pQCT（XCT Research SA+）骨形態計測装置（ラトックエンジニアリング）小動物の骨量・骨塩量測定をはじめ、骨形態計測関連の装置が備えられている。
