松本歯科大学病院歯科医師臨床研修プログラムは、建学および病院の理念の下に、歯科医師法第16条の2第1項に規定する臨床研修に関する省令に基づき、歯科医師国家試験合格直後の歯科医師に対し研修歯科医の身分をもって、1年間の臨床研修期間を通して、歯科医師としての人格を涵養し、一般的な歯科診療に対する基本的･総合的歯科診療能力（知識、技能、態度）を身に付け、厚生労働省の提示する到達目標を達成するために計画、作成されたものである。
臨床研修プログラムは、本学病院と研修協力施設とが協力して行う単独型臨床研修方式および、これに協力型Ⅰ臨床研修施設の協力を得て行う管理型臨床研修方式を用いたプログラムが作成されている。
臨床研修に際しては、主に患者診療実習（本学病院、協力型Ⅰ臨床研修施設、研修協力施設）を中心に、相互実習、シミュレーション実習、訪問診療研修、研修セミナー、症例報告などを各プログラム内容にしたがって行い、前記の臨床研修目標を達成することに努める。なお、研修をスムーズに履修するために、研修当初の2ヶ月は初期研修を、また研修修了前の2ヶ月はまとめ研修を行う。

１）松本歯科大学病院では1989年以来現在に至るまで、長年にわたり卒直後研修プログラムに則り歯科臨床研修教育を実践してきたことから、臨床研修必修化後の新制度の実施に対して適切に対応できる体制にある。
２）松本歯科大学病院歯科医師臨床研修プログラムⅠ
　　松本歯科大学病院歯科医師臨床研修プログラムⅡ
研修プログラムによって研修内容は異なるが、松本歯科大学病院初診室（総合診断科・総合診療科）において総合的歯科診療研修を、歯科診療部の専門各科において専門科診療研修を行う。また、臨床研修期間内に専門診療研修を行うことにより、松本歯科大学病院独自の歯科診療研修が実施できる。特に、入院症例を含めた患者の全身状態の管理について、また障がい者および高齢者の全身状態の管理等についても研修が可能である。
３）松本歯科大学病院歯科医師臨床研修プログラムⅠ
単独型臨床研修プログラムでは総合診療科を基軸として専門診療科がある診療体制を生かし，保険診療の流れに沿った治療を確立できるようにすること、そのために指導歯科医の下で患者の一口腔単位での包括的な治療計画を立案し、患者中心の診療が実践できるようになる研修が行われる。
４）松本歯科大学病院歯科医師臨床研修プログラムⅡ
管理型臨床研修プログラムでは、全国各地に所在する協力型(Ⅰ)臨床研修施設の協力を得て、地域医療を始めとして、種々の研修到達分野（項目）を研修できると同時に、いわゆる第1次歯科医療である「かかりつけ」歯科医的な初期総合臨床研修が可能である。
５）4施設の保健所、医科病院など研修協力施設での研修により、地域医療、病棟研修、公衆衛生など歯科医師としての幅広い知識、技能を見学・体験・修得できる特色のある臨床研修プログラムである。
６）臨床研修初期に、歯科診療の流れ、保険診療の原則、診療録の書き方などのオリエンテーションをはじめ医療面接法、口腔内写真撮影をはじめとした基本的な診断用資料採取、高頻度診療に関する実習期間を設けている。
７）全診療科にわたる内容で、病院内外の講師による各種の研修セミナー・講習会を設けている。
８）研修に際しては、到達目標に対して、自主的に具体的行動目標を研修歯科医自身が設定することにより、研修の自主性を尊重している。