새로운 시대의 치과의학 , 치과의료를 개척해 가는 것 . 그 진보발전을 위해서는 미래를 주시한 연구자의 정열과 , 전문영역에 있어 창조성이 풍부한 연구의 집적이 불가결하다 .
 2003 년 4 월 본 대학원의 치학독립연구과는 , 21 세기의 급속히 변화하는 사회 환경에 유연하게 대응할 수 있는 풍부한학제적 지식과 전문 기술을 습득한 경계형 연구자와 , 높은 수준의 전문화된 치과 의료직업인의 양성을 목표로 하여 , 커다
란 기대 속에 개설되었다 .
 기존의 본교 종합치과의학연구소를 기반으로 , 구강 질환 제어재건학 전공 ( 박사과정 ) 을 설치하여 뛰어난 교원과 연구소의 최신예 기기와 시설 아래 본교의 독자적인 대학원 교육을 실전한다.
 일반 선발 및 사회인 특별 선발을 실시하여 , 그 중 사회인 특별 선발에서는 야간 강의와 연습을 진행하는 한편 , 장기휴가를 이용한 집중 강의 , 연습 등도 개강하여 치과의학을 배우고자 하는 대학원생의 의욕을 적극적으로 지원하고 있다.

특정 학부를 기반으로 하지 않은 첨단적 , 학제적 분야를 연구 대상으로 하는 대학원

 일본의 지금까지의 대학원 교육과 연구는 대학의 학부강좌의 연장선 상에 오른 형태로 구성되어 왔기 때문에 , 상하조직적인 형태의 폐쇄적 경향으로 흐르기 쉽다고 지적되어 왔다 .
 그리하여 마츠모토 치과대학 대학원은 학부를 주체로 하지 않은 대학의 종합치과의학연구소를 기반으로 하여 , 첨단적 , 학제적 분야를 대상으로 하는 독립 연구과 방식을 채택했다 . 그 기반이 되는 종합치과의학연구소는 치과 의학 중심 과제인 경조직 및 악구강 연구를 하는 2 부문과 임상치과 , 사회 치과 영역 연구를 하는 1 부문의 총 3 부문으로 구성되어 있는데 , 이 3 부분을 중심으로 ‘경조직질환 제어재건학 강좌’ ‘악구강기능 제어학 강좌’ ‘건강증진 구강과학 강좌’
를 설치했다 . 연구 목표를 같이 하는 13 유닛을 유연하게 결합하여 , 기초 및 임상의 혼합형 대학원에서 ‘구강질환 제어재건학’ 의 1 전공으로 이루어진다 .
 본 대학원은 일본 치과 대학에서는 처음으로 포괄적이고 종합적인 대학원으로 , 학부 강좌에 관계 없이 각 학문간 분야가 서로 관계하는 학제적인 스타일로 , 횡단적으로 커뮤니케이션을 주고 받는 조직으로 구성되어 있다 .